Die Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie/Psychotherapie bietet für Kinder und Jugendliche bis 18 Jahren (in Ausnahmefällen bis 21 Jahren) und für deren Familien therapeutische Behandlung und Diagnostik sowie Kriseninterventionen. Häufige Diagnosen sind Aufmerksamkeitsdefizit-Syndrome, emotionale und Sozialverhaltensstörungen, Substanzstörungen und jugendliche Psychosen. Alle Stationen werden prinzipiell offen geführt, bei Bedarf auch als geschützte Station.

Zusätzlich zu drei Stationen und einer Ambulanz gibt es in Weissenau zwei Teams für Stationsäquivalente Behandlung (StäB) – zum einen für Kinder und Jugendliche, zum anderen für junge Erwachsene im Alter zwischen 17 und 21 Jahren – sowie die überregionalen Stationen clean.kick und clean.kids. Hier werden suchtkranke und suchtgefährdete Kinder und Jugendliche behandelt. Für alle Stationen gewährleistet die Staatliche Schule für Kranke je nach Belastbarkeit differenzierten Unterricht.

Darüber hinaus gibt es für Kinder und Jugendliche eine Ambulanz und eine Tagesklinik in Aulendorf.